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      引言

      在科學(xué)研究以及制藥研發(fā)領(lǐng)域，常常需要制備一些蛋白。而在進(jìn)行蛋白制備之前，需要開(kāi)展一系列分析工作，以便選擇適宜的制備方案，進(jìn)而提高制備的成功率。蛋白分析通常要從蛋白的種屬、類(lèi)型、結(jié)構(gòu)以及理化和生化性質(zhì)等方面著手。目前，對(duì)于蛋白制備難度的評(píng)判尚無(wú)確切標(biāo)準(zhǔn)。為此，我們從Uniprot數(shù)據(jù)庫(kù)中提取了7種哺乳動(dòng)物（Human、Mouse、Rat、Rabbit、Bovine、Pig、Sumatran orangutan）的56547個(gè)蛋白的數(shù)據(jù)，在氨基酸水平上，對(duì)氨基酸個(gè)數(shù)、糖基化位點(diǎn)等信息進(jìn)行了分析，旨在給科學(xué)家在判斷蛋白制備難度時(shí)提供參考。

      我們經(jīng)過(guò)對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行分析處理后，將符合“氨基酸個(gè)數(shù)小于等于100或大于等于1000；糖基化位點(diǎn)數(shù)大于等于4或百分比大于等于1.0%”任一性質(zhì)的蛋白判定為制備難度高的蛋白。具體分析如下：

      氨基酸個(gè)數(shù)

      我們統(tǒng)計(jì)了56547個(gè)蛋白，合計(jì)氨基酸總個(gè)數(shù)為29793248，平均每個(gè)蛋白的氨基酸個(gè)數(shù)為527。

      氨基酸個(gè)數(shù)分布見(jiàn)圖1，氨基酸蛋白個(gè)數(shù)區(qū)間及百分比見(jiàn)表1。

▲ 圖1. 氨基酸個(gè)數(shù)分布圖

▼ 表1. 氨基酸蛋白個(gè)數(shù)區(qū)間及百分比

      糖基化位點(diǎn)&占比

      據(jù)統(tǒng)計(jì)，無(wú)糖基化位點(diǎn)蛋白數(shù)占比為78.50%，含0-3個(gè)糖基化位點(diǎn)蛋白數(shù)占比92.97%，95.30%的蛋白糖基化位點(diǎn)占比位于0-1.0%區(qū)間。

      糖基化位點(diǎn)數(shù)分布見(jiàn)圖2，糖基化位點(diǎn)百分比分布見(jiàn)圖3，糖基化位點(diǎn)百分比數(shù)據(jù)見(jiàn)表2。

▲ 圖2. 糖基化位點(diǎn)分布圖

▲ 圖3. 糖基化位點(diǎn)百分比分布圖

▼ 表2. 糖基化位點(diǎn)百分比

      小結(jié)

      通過(guò)對(duì)Uniprot上7種哺乳動(dòng)物的56547個(gè)蛋白進(jìn)行數(shù)據(jù)分析獲得：

      · 蛋白的氨基酸個(gè)數(shù)：每個(gè)蛋白平均氨基酸個(gè)數(shù)為527，86.22%的蛋白氨基酸個(gè)數(shù)位于101-1000區(qū)間；

      · 糖基化位點(diǎn)數(shù)：無(wú)糖基化位點(diǎn)蛋白數(shù)占比為78.50%，0-3個(gè)糖基化位點(diǎn)蛋白數(shù)占比92.97%；

      · 糖基化位點(diǎn)數(shù)百分比：95.30%的蛋白糖基化位點(diǎn)占比位于0-1.0%區(qū)間。

      綜合以上數(shù)據(jù)及分析，我們將符合以下任一性質(zhì)的蛋白判定為制備難度高的蛋白：

      注：由于蛋白的多樣性及其他多方面因素的影響，以上判斷條件僅為概率上分析，不是必然結(jié)果，僅供參考。

      關(guān)于三優(yōu)生物

      三優(yōu)生物成立于2015年，是一家國(guó)際領(lǐng)先的專(zhuān)注于創(chuàng)新生物藥研發(fā)和服務(wù)的高新技術(shù)企業(yè)；公司致力于實(shí)現(xiàn)“讓天下沒(méi)有難做的創(chuàng)新生物藥”的使命；公司建立了“差異化CRO、整合型CDO、協(xié)同型CPO、特色CRS”于一體的4C綜合業(yè)務(wù)體系。

      公司建立了設(shè)施設(shè)備先進(jìn)齊全的創(chuàng)新生物藥一體化研發(fā)實(shí)驗(yàn)室；公司發(fā)展起了一支以碩士和博士為主的專(zhuān)業(yè)團(tuán)隊(duì)；公司打造了居于行業(yè)領(lǐng)軍水平的“超萬(wàn)億、一體化、智能化”三大創(chuàng)新藥研發(fā)技術(shù)平臺(tái)；公司建立了以十萬(wàn)億噬菌體展示分子庫(kù)為代表的，涵蓋原材料制備、分子發(fā)現(xiàn)、分子優(yōu)化、體內(nèi)外藥效、細(xì)胞株構(gòu)建、上下游工藝、臨床前研發(fā)及產(chǎn)業(yè)化開(kāi)發(fā)等的50多個(gè)技術(shù)子平臺(tái)。

      公司的業(yè)務(wù)網(wǎng)絡(luò)已擴(kuò)展至中美歐等世界各地，公司在波士頓、費(fèi)城、圣地亞哥和倫敦等地設(shè)有業(yè)務(wù)網(wǎng)點(diǎn)；公司已和全球1000多家制藥公司、藥物研發(fā)機(jī)構(gòu)、診斷試劑產(chǎn)品公司建立了友好的業(yè)務(wù)合作關(guān)系。公司已獲得國(guó)家高新技術(shù)企業(yè)、專(zhuān)精特新、ISO9001質(zhì)量管理體系、GB/T知識(shí)產(chǎn)權(quán)管理體系等認(rèn)證。